Moskovan rauhan rajalinja, huhtikuu 1940. Rajalta kaapataan Neuvostoliiton puolelle Päämajan valvontaosaston kapteeni, ja etsiväkomisariot Salomon Eckert ja Jussi Kähönen määrätään selvittämään työtoverinsa kohtaloa. Mies löytyy, mutta venäläiset ovat perillä hänen menneisyydestään eivätkä luovuta häntä takaisin. Poliisit joutuvat tekemään tiukan valinnan: on uhrattava työtoverin henki tai vaarannettava tulenarka rauha.

Karelia Noir -trilogian päätösosassa liikutaan sodan kuohuista vaaran vuosiin. Jatkosodan alussa poliisit palaavat Viipurin kaduille, mutta selittämättömät räjähdykset pitävät heidät varuillaan. Lopulta Viipuri menetetään lähes taistelutta, ja edessä on kaoottinen lähtö länteen.

Rauhan solmiminen ei tuo mukanaan vakautta - punainen Valpo kidnappaa suomalaisia Neuvostoliittoon, ja neuvostosotavangit yrittävät välttyä palautukselta kotimaahansa. Karanneet ovat suojattomia, kunnes poliisit jakaantuvat kahteen leiriin: uuden politiikan kannattajiin ja vastustajiin, jotka Kähösen ja Eckertin tavoin salakuljettavat pakolaisia maasta. Autojonojen valokeilat pyyhkivät yötä, kun vaiteliaita miehiä kuljetetaan Pohjanlahden satamiin ja -Tornioon.

Kadonneen kaupungin varjo kuvaa sodanjälkeistä sekasortoista todellisuutta poliisin näkökulmasta. Paenneen sotavangin henkilöllisyyttä on yhtä vaikea selvittää kuin sitä, kenen puolella kollega on. Aito identiteetti on lopulta yhdentekevää: se ratkaisee, kuka voi todistaa olevansa.