Firenze 1423. Brunelleschi on rakennuttamassa tuomiokirkon kupolia, joka kohoaa kaupungin ylle. Ylhäisen suvun poika löytyy murhattuna sivukujalta. Rahakukkaro on tallella, mutta harvinainen käsikirjoitus on kadonnut. Todistajat väittävät, että tappaja on Medicien kirkon pappi.
Kaupunki kohisee kuolemasta, kun porteista ratsastaa sisään syytetyn papin vanha ystävä, Antonio Loschi, jonka menneisyydestä kiertää monenlaisia huhuja. Loschi ryhtyy syytetyn asianajajaksi apunaan 16-vuotias kirjuri Pikku-Toni.
Kupoli seuraa Pikku-Tonia ja Loschia Firenzen kujille, ilotaloihin ja Medicien palatseihin, mutta käsikirjoituksen arvoitus ei ratkea. Mistä kiistelty teksti kertoo? Kuka on valmis äärimmäisiin tekoihin saadakseen sen käsiinsä? Entä miten Brunelleschin kupoli liittyy kuolemaan?
Kupoli on historiallinen dekkari, joka vie keskelle renessanssin Firenzen värejä, tuoksuja ja tunnelmia. Kirja on tarkka kuvaus ajasta ja paikasta, jossa koko Euroopan historia sai uuden suunnan. Samalla Kupoli herättää myös ajatusleikin: miten maailma voisi muuttua, jos kadoksissa oleva käsikirjoitus joutuisi vääriin käsiin.