Donald Keene saa vastuulleen salaperäisten, maanalaisten siilojen rakennuttamisen. Kun ilmakehä tuhoutuu, ihmiset ajetaan siiloihin, joissa todellisuus hämärtyy. Vähitellen karmiva totuus alkaa paljastua.

Siilon saagan itsenäinen toinen osa Siirros sijoittuu Siiloa edeltäville vuosisadoille ja valaisee maanalaisen maailman alkuhetkiä.